脓疱的发生机理因病因不同差异。有些疾病表现的脓疱病因仍不明了。但脓疱腔内均有大量的白细胞存在。

病毒性痘样脓疱由不同的病毒通过飞沫或接触传染感觉人体后，经一系列免疫反应，发生表皮内或表皮下脓疱。其典型的变化可使表皮发生网状变性和气球状变性，亦可有不同病毒的包涵体。

细菌感染的脓疱多由葡萄球菌，链球菌感染引起。感染途径为原发感染和继发感染。原发感染是致病菌直接侵入皮肤引起脓疱。如传染性脓疱疮，其发病机理病原菌起主要作用。继发感染是发生于原有皮损的础上。一般为多种细菌的混合感染，如传染性湿疹样皮炎。引起细菌性脓疱的致病因素，病原菌在皮肤上大量繁殖或接触外来毒力较强的菌株，表皮破损使病原菌易于侵入。小儿皮肤薄嫩抵抗力差易受感染。代谢失调、营养不良、疲劳或某种免疫功能缺失的易感性。

非感染性胞疹为无菌性脓疱。一般病因尚不清楚，如疱疹样脓疱病，脓疱型银屑病等。有认为与病灶感染，内分泌失调，免疫功能异常等因素有关。