本型糖原贮积病是由于缺乏磷酸化酶激酶所致。磷酸化酶激酶是由4个亚单位（α、β、γ、δ）组成的一个蛋白激酶，来自神经中枢的冲动或激素的调控可通过它激活磷酸化酶，从而促进糖原的分解过程。磷酸化酶激酶本身的激活是经由Ca2 、腺苷酸环化酶、环腺苷酸（cAMP）依赖性蛋白激素等一系列的作用进行的，这一过程主要由胰高糖素调控。组成磷酸化酶激酶的4个亚单位都各自有位于不同染色体上的编码基因，在各种组织中的表达亦各不相同。从理论上讲，上述过程中任一酶的缺陷都可以造成糖原分解受阻而累积，而实际上仅磷酸化酶激酶缺乏是最主要的病因，依据其病变累及的器官和遗传特征加以区分：

1.X连锁遗传性肝磷酸化酶激酶缺乏症 是因位于Xp22的α亚单位编码基因突变所致。

2.常染色体遗传性肝和肌磷酸化酶激酶缺乏症 这是由于位于常染色体上编码α、β亚单位的基因突变所造成的（目前仅β亚单位已定位于16q12-q13）。

3.特定性肌磷酸化酶激酶缺乏症 这是由于在肌组织中编码α亚单位的结构基因（位于Xql2）突变所造成的。

4.心脏磷酸化酶激酶缺乏 迄今仅有少数报道，酶缺陷仅限于心肌内。

上列各型磷酸化酶激酶缺乏症的确诊都必须依赖病变器官组织的酶活力检测。由于磷酸化酶激酶在各种组织中有多种同工酶，因此，外周血红、白细胞中酶活力的检测有可能发生误诊。